Nguyễn Hữu Chỉnh là người huyện Chân Phúc, phủ Đức Quang, Trấn Nghệ An; nay là xã Phúc Thọ, huyện Nghi Lộc, Nghệ An, Việt Nam. Cha ông là một thương gia giàu có. Nguyễn Hữu Chỉnh sinh ra trong thời kỳ Đại Việt bị chia làm hai nước. Từ sông Gianh (Quảng Bình) trở ra Bắc là nhà nước do vua Lê, chúa Trịnh cai trị, gọi là Đàng Ngoài hay Bắc Hà. Từ sông Gianh vào Nam là nhà nước Đàng Trong của các chúa Nguyễn, gọi là Đàng Trong hay Nam Hà. Nguyễn Hữu Chỉnh là dân Đàng Ngoài, sống dưới chế độ Lê-Trịnh.

Trong bộ Hoàng Lê nhất thống chí do nhóm Ngô gia văn phái soạn vào cuối thế kỷ 18 – đầu thế kỷ 19, Nguyễn Hữu Chỉnh được mô tả có dung mạo khôi ngô, trí thông minh phi thường. Thuở nhỏ, ông học về Nho giáo, đã nghiên cứu rất nhiều kinh sử. Năm 16 tuổi, ông thi đỗ Hương cống (Cử nhân) nên còn gọi là Cống Chỉnh (貢整). Năm 18 tuổi, ông dự khoa thi võ (Tạo sĩ), đỗ hạng Tam trường.

Cha Nguyễn Hữu Chỉnh làm môn hạ cho quận Việp Hoàng Ngũ Phúc, thường dắt ông vào gặp quận Việp. Quận Việp nhìn nhận ông là người giỏi, nên nhận vào làm việc dưới trướng. Tại kinh đô Thăng Long, Nguyễn Hữu Chỉnh sống rất phong lưu, không bó buộc phép tắc, giao thiệp rất rộng. Trong nhà ông thường mời hàng chục tân khách tới cùng uống rượu, làm thơ. Ông còn nuôi hơn 10 con hát, vũ nữ và tự soạn bài hát, phổ vào đàn sáo, ngày đêm cho họ ca múa giúp vui.

Nguyễn Hữu Chỉnh còn nổi tiếng về tài thơ văn quốc âm. Tương truyền mới 9 tuổi ông đã ứng khẩu làm bài thơ Vịnh cái pháo. Khi ở kinh sư, ông vì mến phục sự nghiệp của Phần Dương quận vương Quách Tử Nghi đời Đường, nên có bài Quách Lệnh công phú được truyền tụng rộng rãi.